Más de 30 instituciones investigadoras participan en este consorcio que persigue obtener secuencias virales completas del genoma y datos epidemiológicos para, entre otros objetivos, ayudar a revelar las rutas de transmisión o identificar cuándo un individuo es infeccioso
Existe una presión creciente para comprender los patrones de transmisión de la Covid-19. Como virus nuevo y emergente, los investigadores tienen importantes incógnitas en la epidemiología de su infección. éstas se traducen también en una comprensión limitada de quién es infeccioso y por cuánto tiempo y cómo está conectado con el resultado clínico.
El consorcio SeqCOVID, en el que participan expertos en enfermedades infecciosas, genómica, bioinformáticos e investigadores clínicos de más de una treintena de instituciones investigadoras entre las que figura el Real Jardín Botánico (RJB) del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), persigue, entre otros objetivos, dar respuesta a esas incógnitas a través de la obtención, primero, y la combinación, después, de secuencias virales completas del genoma y datos epidemiológicos.
Según señala el equipo investigador que estudia la epidemiología genómica del SARS-CoV-2 en España, el consorcio está ayudando a las autoridades sanitarias a revelar las rutas de transmisión e identificar cuándo una persona es infecciosa.
Pero, además, también posibilita identificar alertas tempranas de propagación local, conocer la diversidad viral relacionada con inmunidad, drogas y diagnóstico, complementar los enfoques diagnósticos actuales, y reconocer la conexión con los resultados clínicos adversos.
Entender los efectos de las medidas de confinamiento
Isabel Sanmartín, investigadora y vicedirectora de Cultura Científica del RJB-CSIC que participa en este consorcio, confía en que "nuestros análisis nos permitan entender el efecto de las medidas de confinamiento en la expansión del SARS-CoV-2 en España, tanto a nivel de infección y aparición de nuevas variantes como de expansión geográfica".
La labor de Isabel Sanmartín en el consorcio SeqCOVID se centra en la asistencia en la modelización del proceso de migración del virus mediante modelos filogeográficos de inferencia bayesiana. "Este modelo lo desarrollé inicialmente para estimar la tasa de dispersión de individuos en poblaciones naturales en un sistema de islas ("Bayesian Island Biogeography"). Luego, el modelo BIB fue adoptado por los epidemiólogos para estimar la velocidad de expansión geográfica entre cepas virales; hasta entonces la epidemiología no incorporaba las relaciones filogenéticas en sus estudios", explica la investigadora.
Otro modelo que nació dentro del ámbito de la Biología Evolutiva pero que luego se exportó a la epidemiología, es BDSKY, "Bayesian Skyline Birth-Death", utilizado para trazar eventos de extinción masiva. "Este modelo filodinámico se usará en el consorcio SeqCOVID para estimar puntos temporales en los que se produce un cambio importante en la tasa de infección o migración, por ejemplo, como consecuencia de las medidas de distanciamiento social y restricciones a la movilidad. También pueden aplicarse en poblaciones naturales, como es el caso del proyecto EUGENIA donde queremos utilizarlo para estimar eventos de cuello de botella genéticos o de expansión demográfica", indica Isabel Sanmartín.
Estudio del genoma en unos 20.000 afectados de coronavirus
El consorcio prevé estudiar el genoma del SARS-CoV-2 en 20.000 afectados de toda España con el fin de entender qué pasó en las primeras fases de la pandemia y conocer la entrada del coronavirus en nuestro país y su extensión por las comunidades autónomas.
El impacto esperado permitiría entender cuáles fueron las rutas de transmisión (geográficas y temporales) de la Covid-19; evaluar la eficiencia de las diferentes medidas de contención; entender los factores que influyen en la tasa de mutación del virus, y proporcionar datos sobre el rendimiento de las formas de diagnóstico; la resistencia a medicamentos y analizar los casos críticos.
