El Banco de Germoplasma forma parte de la Unidad de Horticultura del Real Jardín Botánico (Madrid). Sus principales objetivos son la conservación ex situ de semillas silvestres y el apoyo a la colección de plantas vivas.

Las semillas se almacenan a baja temperatura y en condiciones de alta desecación, y se encapsulan para asegurar la hermeticidad de los envases. Actualmente se están llevando a cabo expediciones de colecta de nuevo material por parte de personal de la propia Unidad de Horticultura, además de recibir material de investigadores del propio Jardín y de otros centros. De esta forma, el Banco de Germoplasma colabora activamente en la consecución de los objetivos marcados por el Convenio de Diversidad Biológica (Río de Janeiro, 1992) y desarrollados dentro de la Estrategia Global de Conservación Vegetal (La Haya, 2002). Dentro de estos objetivos figura la conservación ex situ del 60% de la flora española en peligro de extinción.

El Jardín cuenta con una numerosa colección de plantas exhibidas al público, muchas de las cuales son especies presentes de forma natural en la Península Ibérica, endemismos y plantas amenazadas. Las labores de colecta y siembra de semillas mantienen una relación continua entre la colección de plantas vivas y el Banco de Germoplasma, y de esta forma permiten al Jardín colaborar activamente en la consecución de otro de los objetivos del Convenio de Diversidad Biológica, como es el desarrollo de protocolos de recuperación y regeneración para las especies amenazadas.

Las instalaciones del Banco de Germoplasma han sido ampliadas y mejoradas recientemente, de forma que cuenta con una sala de conservación y una sala de trabajo. Ambas salas son subterráneas para minimizar las oscilaciones de temperatura y optimizar el funcionamiento de la maquinaria del Banco. La sala de conservación cuenta actualmente con 15 neveras frigoríficas donde se almacenan las semillas. En la sala de trabajo se dispone de todo el equipamiento necesario para la limpieza, desecación y encapsulado de las muestras. Además cuenta con una cabina de flujo laminar y una germinadora para realizar pruebas de germinación que permitan evaluar el estado de conservación del material.

En un futuro, el Banco de Germoplasma contará también con el instrumental necesario para la conservación de esporas de helechos y hongos, así como para la extracción y conservación del DNA. Con todo ello, el Banco pretende impulsar su capacidad de conservación de todo tipo de material vegetal.