El 10 de marzo de 1785 Carlos III firmó la Real Cédula por la que se creaba la Real Compañía de Filipinas; una sociedad político-mercantil, heredera de la Real Compañía de Caracas y destinada a utilizar los territorios españoles en Filipinas como enclave logístico para el comercio entre América y Asia.
El establecimiento de una estructura comercial con sede en Filipinas debía potenciar, además, la explotación de los recursos naturales propios de estos territorios, mas ¿con qué recursos naturales contaba este archipiélago?, ¿cuáles podrían ser comercializados? Para responder a éstas y otras preguntas similares, la Compañía solicitó del ministro de Indias, José de Gálvez, en los instantes posteriores a su creación, la necesidad de contar con el personal técnico adecuado que le permitiera valorar las posibilidades de explotación de la naturaleza filipina. J. Gálvez trasladó la petición a Casimiro Gómez Ortega, primer catedrático del Real Jardín, y éste propuso para realizar tales actividades a Juan de Cuéllar, un boticario que, a la sazón, se encontraba sirviéndole en el registro fronterizo al que estaba siendo sometido Joseph Dombey, el "acompañante" francés de Hipólito Ruiz y José Pavón en la Expedición al Virreinato del Perú.
A comienzos de enero de 1786, Juan de Cuéllar embarca en Cádiz, a bordo del Águila Imperial, con destino al puerto de Cavite; viaja con el nombramiento real de botánico y el título de naturalista al servicio de la Real Compañía de Filipinas. A comienzos de agosto de éste 1786, J. Cuéllar se encuentra ya en Manila dispuesto a servir en su puesto de naturalista; sus primeros viajes se dirigen a la región de la Laguna de Bay, al sur de Manila, mas pronto la conflictiva situación de la isla le obligará a limitar sus herborizaciones a las proximidades de la ciudad, interesándose por los cultivares hacia los que la Real Compañía mostraba especial interés: el añil, la pimienta negra, el algodón, las moreras, el café, el cacao, y otras más; sólo entre marzo y abril de 1789 abandonaría Manila y sus cercanías, para realizar una corta expedición a la provincia de Batán.
Desde su llegada al archipiélago filipino, Juan de Cuéllar acumula materiales con destino a los Reales Gabinetes; los primeros envíos de producciones naturales del archipiélago filipino (conchas, semillas, resinas, maderas, dibujos, minerales y algunas macetas con plantas vivas) datan de comienzos de 1787 y, desde entonces, los realizará con la asiduidad que le permite el sistema de flotas con España; estos envíos prosiguieron, no sin altibajos, hasta 1797. Los materiales herborizados por J. Cuéllar fueron parcos, mas él supo suplir estas carencias adquiriendo cuantas curiosidades naturales tenía a su acceso, por ello no son raros algunas cajones con producciones asiáticas, remitidos por él con destino a los Reales Gabinetes.
Una Real Orden, dictada a fines de enero de 1788, dirigirá los trabajos de Juan de Cuéllar hacia una actividad mucho más definida: el fomento de los plantíos de canela y nuez moscada, en un último intento por desbancar el monopolio comercial holandés sobre estas especies. La disposición regia vino motivada por la noticia de la existencia de una plantación de canelos, efectuada por Francisco Xavier Salgado, un terrateniente español, en su hacienda de Calavang, sita en la provincia de Laguna de Bay. El propio J. Cuéllar había observado la presencia de árboles productores de nuez moscada en las montañas próximas a esta misma hacienda. Ambos descubrimientos, de comprobarse su similitud con los productos exportados por los holandeses desde las cercanas Ceilán y Banda, podrían suponer una importante baza comercial para la Real Compañía de Manila, que no dudó en apoyar las experiencias de cultivo y estudio propuestas por el naturalista.
El modo de beneficiar los canelos en la hacienda de Calavang no dio los resultados esperados, los materiales remitidos para su estudio por el equipo de la Real Botica resultaron en extremo mucilaginosos y carentes de algunas de las características organolépticas de la canela holandesa. Los esfuerzos del propio Cuéllar en la huerta de Malate, a las afueras de Manila, inicialmente destinada al cultivo de moreras, o en las pequeñas tierras de que disponía la Real Compañía intramuros de Manila, tampoco dieron los resultados apetecidos. Para estos mismos fines, la aclimatación y beneficio de los canelos, la Real Compañía adquirió un terreno en Tiaong, en la provincia de Tayabas, donde J. Cuéllar sembró mil canelos procedentes de la hacienda de Calavang. Tampoco en esta plantación se obtuvieron los resultados esperados.
Durante su estancia en Manila, Juan de Cuéllar recibió la visita de la expedición comandada por Alejandro Malaspina; las corbetas Descubierta y Atrevida fondearon en Cavite el 24 de marzo de 1792. El botánico Antonio Pineda visitó, a mediados de abril y en compañía de J. Cuéllar, la hacienda de Calavag; esta hacienda, ya famosa por sus plantaciones de canelos, nuez moscada, café y otros productos de interés comercial, fue nuevamente visitada por Tadeo Haenke y Luis Neé a mediados de septiembre de 1792. La expedición A. Malaspina salió del puerto de Manila el 15 de noviembre. J. Cuéllar, que proporcionó la información sobre la naturaleza filipina que le fue solicitada por los miembros de esta expedición, permaneció en Manila.
Los intentos de Juan de Cuéllar por obtener beneficio de los canelos filipinos fueron vanos, como vana fue su propuesta de realizar una expedición botánica por el archipiélago o la de establecer un jardín botánico en los terrenos que la Real Compañía disponía en Malate. Una Real Orden, fechada el 19 de junio de 1793, suprimía la junta de gobierno de la Real Compañía en Manila, comisionando a la de Madrid para que decidiera sobre el futuro de aquel establecimiento; la junta de Madrid cesó de sus cargos a los empleados en Manila, un cese efectivo desde el 31 de diciembre de 1794. Juan de Cuéllar fue destituido junto al resto del personal al servicio del establecimiento de Manila, el naturalista conoció la noticia, como el resto de los empleados, en junio de 1795.
Permanecería en Filipinas hasta su muerte; el gobernador de Filipinas le nombró comisionado para el alumbrado público en Manila y, más tarde, superintendente de las fábricas de tejidos de la provincia de Ilocos, un territorio del que fue nombrado "Alcalde Mayor" [gobernador provincial], y en el que habría de fallecer a finales de 1801.
