La Expedición Botánica al Virreinato de Nueva España se genera como resultado de una coincidencia de hechos, lógica en el ambiente político-social gestado por los ilustrados españoles. Juan Bautista Muñoz, cosmógrafo de Indias, encargado de reordenar los fondos de los expulsos jesuitas, localiza en la biblioteca del Colegio Imperial de Madrid parte de los manuscritos de Francisco Hernández, médico de Felipe II que viajará a Nueva España para estudiar sus producciones naturales en 1570. La noticia fue comunicada a José de Gálvez, Ministro de Indias y antiguo Visitador de Nueva España; por Real Cédula de 20-III-1787 se encomienda a Casimiro Gómez Ortega, primer catedrático del Real Jardín, la actualización y publicación del manuscrito.
En estas mismas fechas Martín Sessé, médico aragonés establecido en México, que había viajado por los territorios españoles de la América Central, escribe al primer catedrático del Real Jardín proponiendo la realización de una "Expedición Botánica" destinada, además de a la catalogación de los recursos naturales del Virreinato de Nueva España, a la institucionalización de las nuevas enseñanzas sanitarias en el territorio colonial. Martín Sessé era comisionado del Real Jardín desde mayo de 1785.
La misión encomendada por C. Gómez Ortega a sus corresponsales mexicanos J. Alzate, M. Sessé y J.I. Bartolache, de búsqueda de la iconografía y manuscritos de F. Hernández en el territorio colonial no tuvo éxito; pero la obra del médico de Felipe II habría de verse completada con las noticias que proporcionara una nueva expedición, cuyo director habría de ser Martín Sessé.
La Real Cédula de creación de la Expedición Botánica a Nueva España fue extendida el 20 de marzo de 1787; C. Gómez Ortega seleccionó los miembros que habrían de componerla: Vicente Cervantes, uno de sus discípulos, fue nombrado catedrático de Botánica en México; Juan del Castillo, comisionado del Real Jardín desde 1785 en Puerto Rico, botánico agregado; José Longinos Martínez, condiscípulo de V. Cervantes en el Real Jardín de Madrid, agregado naturalista, y Jaime Senseve, farmacéutico desmemoriado pero de influencia, fue agregado en calidad de profesor farmacéutico.
Los primeros resultados de la expedición no se hicieron esperar; el 27 de marzo de 1788, M. Sessé da cuenta a C. Gómez Ortega de la inauguración del Jardín Botánico de México y poco después, comentará los nuevos planes para el establecimiento y los preparativos de sus viajes de exploración. Mas no todo habría de funcionar como se hubiera deseado en la Corte. Desde su inicio, la expedición queda marcada por los enfrentamientos personales entre sus miembros y de ellos con los prohombres de la Administración virreinal. No es de extrañar puesto que los expedicionarios recibieron el nombramiento de "Examinadores del Protomedicato", cargo imprescindible para poder acometer la ansiada reforma en la administración sanitaria colonial; pero que, por otro lado habría de indignar, por lo que supuso de intromisión, a la cúpula sanitaria virreinal. Una polémica que se extendió también, aunque por otras razones, a las élites criollas.
Martín Sessé consigna en sus escritos como inicio de la expedición el 1 de octubre de 1787; durante el primer año, hasta la incorporación de J. Longinos, realizan cortas salidas al campo, M. Sessé y J. Senseve herborizaron en el desierto de los Leones, mientras V. Cervantes ultimaba los preparativos para comenzar la docencia en el Jardín mexicano. El primer curso de Botánica en México dio inicio el 2 de mayo de 1788 y tuvo una duración de seis meses. Mientras se impartían clases teóricas, J. Longinos, M. Sessé y J. Senseve visitan el Estado de Morelos; tras su vuelta a México se incorporaría al equipo expedicionario Juan del Castillo, procedente de Puerto Rico, y los dos dibujantes: Vicente de la Cerda y Atanasio Echeverría, formados en la Real Academia de San Carlos de México. El componente novohispano también quedaría agregado a la expedición a través de los alumnos formados por V. Cervantes; en el segundo curso, que dio comienzo el 4 de mayo de 1789, se inscribieron, entre otros, José Mariano Mociño, influido por el presbítero tradicionalista J. Alzate, y José Maldonado. Por estas mismas fechas, los expedicionarios inician su segundo periplo; visitarían, entre otros lugares, Cuernavaca, Tixtla, Chilpanzingo y Acapulco.
J.M. Mociño y J. Maldonado se incorporan a la expedición en 1790, sustituyendo a J. Senseve, quien es trasladado al Jardín de México para hacerse cargo de las labores de disección y preparación de animales. J. Senseve intentó, por los medios a su alcance, impedir la adscripción de J.M. Mociño y J. Maldonado a la expedición. Sus valedores en la Corte accedieron a sus deseos, pero cuando la orden de destitución llega a Nueva España los expedicionarios habían partido ya en su tercer viaje de reconocimiento, esta vez hacia Guadalajara.
Esta tercera ruta intenta reconocer los territorios del noroeste novohispano, los exploradores atravesarán Michoacán, Sonora y Apatzingan hasta llegar a Guadalajara, allí el grupo formado por J.M. Mociño, J. del Castillo y A. Echeverría se dirigirán hacia Aguas Calientes, a través de Álamos y Tarahumara; M. Sessé alcanzaría esta misma localidad cruzando Sinaloa. Este recorrido tuvo una duración de dos años (1790-1792); en Aguas Calientes recibieron la Real Orden de desplazarse hasta la costa noroeste para estudiar la Historia Natural de Mazarredo (Nutka), sujeta a litigio por su posesión entre los gobiernos de España y Gran Bretaña, la isla tenía interés comercial para ambas potencias; hacia aquel territorio se dirigieron J.M. Mociño, A. Echeverría , J. Maldonado y Juan del Castillo, quien quedó enfermo de escorbuto en Aguas Calientes, donde murió en 1793.
Tras la vuelta de J.M. Mociño a México, una vez finalizada su estancia en Nutka, la expedición decide afrontar el estudio del sur del virreinato; Martín Sessé distribuye en dos grupos a sus colaboradores; J.M. Mociño y V. de la Cerda emprenden viaje hacia Mixteca y Costa de Tabasco, mientras M. Sessé, J. del Villar y A. Echeverría se dirigen a Jalapa y Guaztuco. Ambos grupos habrían de confluir en Córdoba para, desde allí, encaminarse a Veracruz. La expedición regresará a Ciudad de México pasando por Tehuantepec y Tabasco.
En marzo de 1794, Martín Sessé solicita el Real permiso para prorrogar la expedición durante otros dos años. Su objetivo es reordenar las colecciones formadas y concluir el estudio de la América Central con una última exploración al "Reino de Guatemala y a las Islas de Cuba, Santo Domingo y Puerto Rico". La expedición se dividirá en dos grupos: mientras M. Sessé y A. Echeverría estudian La Habana, donde coincidirían con la Real Comisión dirigida por el conde de Mopox; J.M. Mociño, V. de la Cerda, J. del Villar y J. Longinos, éste último obligatoriamente reincorporado, se ocuparían de estudiar Guatemala. V. Cervantes permanecería en Ciudad de México ocupándose de dirigir la plantación del Jardín Botánico en Chapultepec.
Tras recibir la Real orden que daba por concluidos los trabajos de los expedicionarios, se emprende, bajo la dirección de M.Sessé, la recopilación y preparación del material que habrían de trasladar a España. En esta tarea, en la que se invirtieron dos años, colaboró todo el equipo expedicionario excepto J. Longinos, sin embargo se incorpora V. Cervantes. Durante estos dos años J.M.Mociño trabaja, en el Hospital General de San Andrés y en el Real Hospital de Naturales, en compañía de Luis Montaña, un médico criollo. Ambos estudiaron las virtudes medicinales de las plantas mexicanas; esta actividad, muy criticada por el Protomedicato, dio como resultado la elaboración de un conjunto de notas farmacológicas que luego resumiría V. Cervantes bajo el titulado "Ensayo a la Materia Vegetal de México". Sus trabajos en el Hospital General de San Andrés sientan las bases para el desarrollo de la clínica moderna, sustituyendo la terapia humoral por la brownista (una derivación vitalista), de la que fueron firmes divulgadores.
En 1803 la expedición estaba dispuesta para volver a la Península, mas las dificultades no habían acabado, las autoridades virreinales impidieron la salida de V. de la Cerda, pretextando la presencia en España de A. Echeverría, adscrito a la Expedición Mopox; tampoco J.M. Mociño pudo viajar hasta solventar algunos problemas familiares; M. Sessé, su familia y J. Senseve partieron hacia La Habana para recoger el material de su viaje por la isla depositado en poder de M. Espinosa. Una enfermedad, el vómito negro, les retuvo en Cuba; llegaron a Cádiz el 20 de octubre de 1803. J.M. Mociño y la parte que éste transportaba del material de la expedición había llegado meses antes, el 31 de julio de 1803.
La labor de M. Sessé y J.M. Mociño en la Península descolla más en sus aspectos médicos y políticos que botánicos. M. Sessé promovió las reformas de las doctrinas médicas en la erradicación de la "fiebre amarilla" aparecida en Andalucía en 1804, concienciando a los otros médicos españoles de que la causa de la enfermedad se debía a condiciones ambientales e higiénicas y no al supuesto efecto transmisor. Los trabajos médicos de ambos expedicionarios les llevan a conseguir sendos asientos en la Real Academia de Medicina de Madrid, en 1805.
El 4 de octubre de 1808 muere Martín Sessé. José María Mociño sobreviviría algunos años más, aunque en penosas condiciones; desde 1811 se ocupó de la revisión de los materiales de la expedición a Nueva España, en colaboración con Pablo de la Llave, un discípulo mexicano, que llegó a ocupar el puesto de director del Real Gabinete de Historia Natural, donde desempeñó cierta actividad docente. En 1812 hubo de abandonar la Península, refugiándose en Montpellier; allí contactó con A. De Candolle, a quien confió los manuscritos y dibujos de la "Flora Mejicana" cuando éste se trasladó a Ginebra. José Mariano Mociño volvió a Barcelona, enfermo y fatigado, donde murió el 19 de mayo de 1820. Vicente Cervantes permaneció en Ciudad de México donde, pese a su condición de español, el gobierno independentista le respetó en su cargo; murió el 26 de julio de 1829.
