El 7 de septiembre de 1780 un joven cirujano, José Celestino Mutis, emprende viaje a Nueva Granada, acompañando en calidad de médico personal al nuevo virrey, Pedro Messia de la Zerda. Se instalaría en la capital del virreinato, Santa Fe de Bogotá y, de inmediato, comenzaría a ejercer la medicina en tierras americanas. Mas su actividad científica no se limitará al ejercicio profesional aprendido en el Real Colegio de Cirugía de su Cádiz natal. Pronto se aventurará hacia otras actividades: desde 1762 impartirá enseñanzas de matemáticas en el Colegio del Rosario, en Santa Fe; algunos años después, en 1773, hará pública su defensa del copernicanismo.
Sus intereses por la explotación de los recursos naturales novo-granadinos le llevan a viajar, en 1766, hacia Cácota de Suratá, en la provincia de Pamplona, donde decide poner en explotación unas minas de plata en la Montuosa Baja; retorna a Santa Fe en mayo de 1770. Volverá a ocuparse de los intereses mineros en 1777, cuando también dirige la explotación de El Sapo, en Ibagué.
Mas los deseos de José Celestino Mutis no se limitan a la explotación de los recursos minerales o la divulgación del pensamiento científico defendido por los ilustrados europeos. Sus miras son más amplias, desea elaborar una completa Historia Natural de toda la América hispana, y para ello solicita el apoyo de la Corona en distintas ocasiones. De 1763 data su primera representación al monarca español solicitando financiación para realizar una expedición destinada a tales fines; el silencio regio servirá de contestación a su escrito, mas el gaditano no se amilana y, pocos meses después, en 1764 envía una nueva petición a Carlos III en los mismos términos; ésta también sería contestada con un silencio. Habría de esperar aún casi veinte años para que este silencio se transformara en aceptación tácita de una expedición que, en la práctica, llevaba años realizándose; en 1783 el arzobispo-virrey Antonio Caballero y Góngora, fiel apoyo de J.C. Mutis en ésta y en otras ocasiones, propondrá a la Corona la realización de una "Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada"; el 29 de abril, antes de recibirse la aprobación regia, J.C. Mutis viajaba, junto a otros miembros de la expedición, a La Mesa de Juan Díaz. Comienza así la exploración sistemática de Mariquita.
Los regulares contactos de J.C. Mutis con los naturalistas europeos se intensifican tras la aprobación de la "Real Expedición Botánica;" en 1784 será nombrado miembro de la Academia de Ciencias de Estocolmo, correspondiente al Real Jardín de Madrid y miembro de la Real Academia de Medicina. Sus noticias sobre plantas americanas son bien recibidas en una Europa ávida de estas nuevas; el Memorial Instructivo y Curioso de la Corte de Madrid se hará eco de sus estudios sobre la utilidad medicinal de algunos vegetales novo-granadinos; este mismo año informará a la Corona sobre la posibilidad de comerciar el té de Bogotá, cuyas propiedades alaba.
Mas su principal objetivo comercial son las quinas; en una de sus visitas a la Sierra de Tena, realizada en 1772 en compañía de Pedro Ugarte, localizará unos quinares a los que seguiría prestando atención en los años sucesivos; en mayo de 1793 comenzará a editarse, en el papel periódico de la Ciudad de Santa Fé de Bogotá, su "Arcano de la Quina", una de las parcas producciones mutisianas que conocieron los tórculos, pues su obra debe buscarse más en el pensamiento de su escuela y en la construcción de una infraestructura científica que en su producción escrita. En este escrito, y sobre todo en su extensa correspondencia, se pone de manifiesto su interés por defender la comercialización de las quinas novo-granadinas, cuya calidad alaba frente a las otras suertes comercializadas desde el puerto de El Callao.
Y es que la preocupación máxima de J.C. Mutis, a diferencia de los otros expedicionarios enviados desde la Metrópoli, es potenciar los recursos naturales del territorio donde realiza su trabajo, no para el beneficio directo de los factores ubicados en la Corte, sino pensando en el propio desarrollo cultural del territorio americano; sólo conociendo este espíritu revolucionario se comprende la creación, en 1801, de la Sociedad Patriótica de Nuevo Reino de Granada o el inicio, en 1803, de la construcción del Observatorio Astronómico de Santa Fe; y sólo así se entienden sus polémicas con un grupo de cortesanos españoles, entre los que se encontraba C. Gómez Ortega, más interesados en sus logros personales que en el desarrollo científico e intelectual de los territorios coloniales. J.C. Mutis falleció, en Santa Fe de Bogotá, el 11 de septiembre de 1808; dos días antes había otorgado su testamento científico. En Colombia quedó lo más representativo de su esfuerzo: sus discípulos, formados en el espíritu libertador que habría de caracterizarles y distinguirles.
Los materiales enviados por J.C. Mutis a la Metrópoli son parcos en extremo; siempre pensó que su obra debería permanecer en Nueva Granada, para enseñanza de quienes estuvieran encargados de proseguir sus trabajos; mas la situación política vivida en Nueva Granada en los años posteriores a su muerte no facilitaría el cumplimiento de sus deseos. En 1817, el general Morillo remitió a España gran parte de los materiales incautados a los miembros de la expedición botánica, entre ellos la práctica totalidad de la colección iconográfica realizada bajo su dirección. Estos materiales fueron inventariados tras su llegada a Madrid y destinados, desde entonces, al Real Jardín Botánico, donde aún se custodian salvo la pequeña parte que abandonó estos estantes para dirigirse, en 1889, a la Real Academia de la Historia.
