Laboratorio de Sistemática Molecular
El Laboratorio de Sistemática Molecular (LSM) del Real Jardín Botánico de Madrid (CSIC), se creó en 1997 con la finalidad de aplicar técnicas de biología molecular al estudio de la biodiversidad vegetal y fúngica desde tres disciplinas principales: Sistemática (Taxonomía y Filogenia), Biología Evolutiva y Ecología.
Técnicas
Las técnicas en biología molecular aplicadas rutinariamente en el laborator son:
• Extracción de ADN,
• Amplificación de ADN nuclear y citoplásmico mediante PCR,
• Purificación de productos amplificados,
• Clonación de genes, cultivo de hongos y bacteria,
• Técnicas de fingerprinting (RFLP, AFLP, microsatélites, RADs),
• Fragmentación de ácidos nucleicos como paso previo para la generación de librerías,
• Control de calidad de librerías de NGS de distintos tipos
La incorporación de la biología molecular en los estudios sistemáticos, ha contribuido a ampliar la comprensión de la historia evolutiva (Biogeografía, Filogeografía, Ecología Evolutiva, Biología de la Conservación), y ha permitido realizar estudios aplicados como la identificación de hongos patógenos emergentes.
Desde su creación el LSM ha sido un apoyo fundamental clave en la producción científica, que incluye un gran número de artículos científicos en revistas de alto impacto.
Usuarios
Los nuevos usuarios del LSM contactarán con la Responsable de la UTAI, quien se encargará de facilitarle el acceso a las instalaciones, así como las normas de uso del LSM. Actualmente el LSM cuenta con usuarios procedentes de grupos de investigación del propio centro, tanto investigadores, como postdoctorales, predoctorales y estudiantes.
El LSM ha acogido usuarios externos procedentes de diversos centros I+D como: Estación Biológica de Doñana, Centro Nacional de Biotecnología, Instituto Botánico de Barcelona del CSIC) y Universidades (U. Santiago Compostela, U. Rey Juan Carlos, U. Autónoma de Madrid, U. Complutense, U. Barcelona, U. Valencia, U. Sevilla, U. Pablo de Olavide, U. Politécnica de Madrid, U. Salamanca, U. Murcia y U. Zaragoza), a través de colaboraciones en proyectos de investigación con usuarios internos.
El interés externo en utilizar nuestra infraestructura también es notable a través de programas como SYNTHESYS (Synthesis of Systematic Resources) iniciativa integrada de infraestructuras financiada por la Unión Europea. Hasta la fecha más de 70 usuarios externos de otros países europeos, dentro del programa SYNTHESYS, han desarrollado su actividad investigadora en el LSM.
Estas actividades hacen de nuestra infraestructura un referente para investigadores tanto nacionales como internacionales.
Equipamiento
Ultrasonicador Covaris M220.
Equipo de ultrasonicación focalizada que permite la fragmentación de muestras de ADN o ARN de un tamaño determinado para su posterior análisis por técnicas de NGS. El proceso se realiza a 500 kHz (rango ultrasónico) fuera del rango audible, evitando las molestias para los operadores, sin sesgo inducido por el calor, con alta recuperación de la muestra y evita la contaminación cruzada. Se trata de un equipo que permite realizar con alta precisión y reproducibilidad el proceso de fragmentación del material genético de las muestras, y es utilizado en todos aquellos casos en los que no es viable la fragmentación enzimática de los ácidos nucleicos.a fragmentación enzimática de los ácidos nucleicos.
Bioanalyzer 2100 Agilent.
Sistema de procesamiento automatizado, para múltiples muestras de manera simultánea (12-96), destinado a la separación de ADN y ARN por electroforesis capilar digitalizada de alta resolución, a partir de muy poca cantidad de muestra (1-2 microlitros), que ofrece una interpretación en picos mediante un electroferograma además de la interpretación tradicional de geles. Permite un eficaz control de la integridad del ADN obtenido tras los procesos de extracción, así como un eficaz control de calidad de las librerías de DNA generadas, presentando entre otras ventajas su rapidez, baja toxicidad y alta sensibilidad, fiabilidad y reproducibilidad.
Termocicladores Mastercycler X50S.
Con bloque de plata, para placas de 96 pocillos que permiten optimizar los protocolos de amplificación por PCR mediante la configuración de gradientes 2D, pudiendo ajustar de forma específica y para cada posición, tanto la temperatura de desnaturalización, como la temperatura de hibridación durante el mismo ciclo.
NanoDrop® 1000.
Es un espectrofotómetro de microgota que mide concentraciones de ácidos nucleicos a partir de 1 µl de muestra, con gran exactitud y reproductibilidad.
Qubit® Fluorímetro para la cuantificación de forma altamente específica de ácidos nucleicos.
TissueLyser ® II.
Equipos de homogenización de muestras, para la ruptura rápida y eficiente de tejidos previa a la extracción y purificación de ácidos nucleicos. La ruptura de tejido y/o células se logra mediante el uso de bolas de acero o vidrio dentro del tubo que contiene la muestra.
Facturación
La facturación de los servicios prestados se realizará a los Responsables de Grupos de Investigación o Investigadores Principales Responsables de Proyectos según la tarifa vigente por tipo de usuario.
