Secuenciación RAD para investigar la genónima de poblaciones y la duplicación génica en plantas

Conferencia: RAD-seq for investigating plant population genomics and gene duplication / Secuenciación RAD para investigar la genónima de poblaciones y la duplicación génica en plantas

Conferenciante: Alicia Mastretta-Yanes, Centre for Ecology, Evolution and Conservation, School of Biological Sciences, University of East Anglia, Norwich NR4 7TJ, ENGLAND

The recent development of genotyping-by-sequencing (GBS) methods, such as RAD-seq, has accelerated the use of genomic data in population genetic studies of non-model organisms. This is particularly useful for plants, where population genetic studies have often struggled to obtain sufficient resolution with DNA sequence data. However, applying GBS to plants poses a unique set of challenges, or exacerbates those common to other taxa. One of the major challenges is the large number of paralogous loci present within plant genomes, which are difficult to distinguish from allelic variation during de novoassembly. For this reason paralogs are normally filtered before undertaking population genomics or phylogenetic analyses. However, paralogy plays an important role in the functional diversification of genes and the formation of postzygotic barriers. In this talk I will summarize some methodological considerations of applying RAD-seq to plants. I will then use data from a tropical mountain shrub to show how RAD-seq can be used to examine:  (1) population differentiation estimated with putative orthologs identified at the individual level, and (2) the distribution of recently duplicated loci among and within species.

El reciente desarrollo de métodos de genotipicación-por-secuenciación (GBS, por sus singlas en ingles), como la secuenciación RAD, ha acelerado el uso de información genética en estudios de genética de poblaciones de especies no-modelo. Esto es particularmente útil para la investigación en plantas, porque ha sido difícil conseguir suficiente resolución en secuencias de ADN para estudios de genética de poblaciones de este grupo. Sin embargo, utilizar GBS en plantas presenta una serie de desafíos particulares o incrementa aquellos presentes en otros taxa. Uno de los mayores retos es que existe una gran cantidad de loci parálogos dentro de los genomas de plantas, los cuales son difíciles de distinguir de la variación entre alelos durante el ensamblajede novo. Por este motivo los parálogos son normalmente excluidos de análisis de genética de poblaciones y filogenéticos. Sin embargo, la paralogía juega un rol importante en la diversificación funcional de genes y en la formación de barreras postzygóticas. En esta charla resumiré algunos consideraciones metodológicas de aplicar secuenciación RAD en plantas. Después, utilizaré datos de un arbusto de montañas tropicales para mostrar como la secuenciación RAD puede utilizarse para examinar: (1) la diferenciación entre poblaciones estimada con loci putativamente ortólogos identificados a nivel de individuo, y (2) la distribución de loci duplicados recientemente entre y dentro de un grupo de especies.